อดีตเป็นสมาชิกสภาจังหวัดขอนแก่น พ.ศ. 2539 ได้รับการเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดขอนแก่นเป็นครั้งแรก สังกัดพรรคกิจสังคม ต่อมา พ.ศ. 2544 ย้ายมาสังกัดพรรคไทยรักไทย และได้รับการเลือกตั้งเป็นครั้งที่ 2 และ พ.ศ. 2548 เป็นครั้งที่ 3 โดยเอาชนะนายปัญญา ศรีปัญญา ทั้ง 2 ครั้ง

พ.ศ. 2550 ย้ายไปสังกัดพรรคเพื่อแผ่นดิน และสอบตกเป็นครั้งแรก โดยได้คะแนนมาเป็นอันดับที่ 5 ของเขต (มี ส.ส. ได้ 3 คน) จากนั้นจึงเข้าดำรงตำแหน่งเลขานุการและที่ปรึกษารัฐมนตรีว่าการกระทรวงอุตสาหกรรม ตามลำดับ ต่อมา พ.ศ. 2554 ย้ายกลับมาลงสมัครกับพรรคเพื่อไทย และได้รับการเลือกตั้งเป็นครั้งที่ 4 โดยเอาชนะนายณรงค์เลิศ สุรพล จากพรรคกิจสังคม

สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร

มุกดา พงษ์สมบัติ ได้รับการเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรมาแล้ว 5 สมัย คือ

1. การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2539 จังหวัดขอนแก่น สังกัดพรรคกิจสังคม
2. การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2544 จังหวัดขอนแก่น สังกัดพรรคไทยรักไทย
3. การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2548 จังหวัดขอนแก่น สังกัดพรรคไทยรักไทย
4. การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2554 จังหวัดขอนแก่น สังกัดพรรคเพื่อไทย
5. การเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2562 จังหวัดขอนแก่น สังกัดพรรคเพื่อไทย